雖然房協樓與居屋也屬政府資助房屋，但房協樓與居屋按揭審批要求是截然不同的。
由於房協樓是沒有與居屋一樣有政府的按揭擔保，因此申請按揭時是需要提供入息證明文件，不能只申報入息。如要申請九成按揭，是需要申請按揭保險，並要支付按揭保費，同時也要計算壓力測試，不少銀行更加不會接受房協樓的「爆壓測」申請。不過，與居屋按揭不同，房協樓在業主入息不足時，是可以加入擔保人。
居屋最長按揭供款期為25年，相反房協樓最長按揭供款期為30年，較居屋長5年。
居屋只可選用P按，相反房協樓可自由選用H按或P按，供款年期可較居屋長，加上現時拆息低企下，選用H按供款，能節省不少利息開支，同一樓價下，房協樓的每月供款壓力會比居屋買家少一點。
房協樓在樓齡上的限制相對寬鬆，銀行會以貸款人年齡及樓齡計算最長還款年期，以低者為準，如業主是高齡的話或樓齡超過45年，便有可能會影響到按揭年期或按揭成數。
最後，值得留意的是，買入房協樓時因按揭保險公司的估價一般較銀行低，如欲承做高成數按揭，應先找專業人士查詢及作評估。
